7. Diagnostic 7.1. Diagnostic biologique Les examens biologiques usuels sont peu utiles au diagnostic formel. La numération formule sanguine peut être normale ou montrer une hyperleucocytose, une lymphopénie voire une pancytopénie. Les examens biochimiques et le bilan de coagulation n’apportent pas non plus d’argument en faveur de la mélioïdose. Ils ne sont pas différents de ceux rencontrés dans les septicémies à germes banals (hyponatrémie, hypokaliémie, insuffisance rénale, perturbation du bilan hépatique, hypoalbuminémie...) [11]. 7.2. Diagnostic bactériologique Le diagnostic de certitude est avant tout bactériologique avec la mise évidence directe et par culture de B. pseudomallei. L’isolement du germe peut se faire à partir d’hémocultures, bien que son rendement soit faible dans les formes localisées. Il peut s’effectuer aussi à partir de prélèvements de pus au niveau des abcès, même si ces derniers restent pauvres en germes, ou des organes atteints comme les aspirations bronchiques. Pour tout patient chez qui on suspecte une mélioïdose, il faut effectuer de nombreux prélèvements pour confirmer la maladie : trois hémocultures, prélèvements de crachats ou aspiration bronchique, prélèvement de gorge, recueil d’urines et tout autre exsudat pouvant révéler le germe (abcès, LCR...) [95]. L’arrêté du 18 juillet 1994 classe B. pseudomallei au sein du groupe des germes présentant un niveau de risque 3. Sa manipulation et celle des prélèvements contaminés doivent s’effectuer obligatoirement dans un laboratoire de type P3 [36]. A l’examen direct, on retrouve des bacilles à Gram négatif très mobiles se déplaçant en ligne droite grâce à une ciliature bipolaire, prenant avec le bleu de méthylène ou avec la coloration de Wright une coloration bipolaire caractéristique [74]. La sensibilité de l’examen direct est faible et sa spécificité également. Il y a une possibilité de confusion avec d’autres germes notamment du genre Pseudomonas. L’isolement et l’identification phénotypique de B. pseudomallei est la méthode de référence pour un diagnostic de certitude. La culture classique sur milieu ordinaire (gélose nutritive) nécessite environ 48 à 72 heures car ce germe se développe plus lentement que la flore habituelle. C’est une difficulté à la mise en route d’un traitement rapidement efficace, surtout dans le cadre des formes septicémiques car le milieu est de plus peu spécifique du germe en cause. B. pseudomallei est un germe résistant qui peut survivre très longtemps dans l’environnement hydro-tellurique ou chez l’hôte infecté. Il pousse aisément sur la plupart des milieux de culture standard : gélose au sang (Columbia par exemple), gélose chocolat, gélose trypticase soja ou encore Mueller-Hinton, MacConkey ou CLED [95] [104]. On peut le cultiver également sur des milieux spécifiques tels que le milieu de Ashdown ou un bouillon sélectif à une température de 37 °C [95]. Dans les régions endémiques, les bactériologistes qui ont une bonne connaissance de la bactérie, utilisent des tests simples. On peut utiliser également le milieu sélectif de Galimand-Dodin, milieu minimum contenant de la thréonine, pouvant être supplémentée avec de la colistine (50mg/ml). Les autres tests ordinaires sont l’oxydase avec un résultat positif, l’aspect sur gélose Columbia donnant un aspect métallique et brillant mais également l’odeur particulière des cultures ayant une odeur de terre ou de truffe caractéristique (mais attention au danger de l’inhalation de la bactérie, qui de ce fait proscrit toute méthode de « reniflement »). La culture sur milieu sélectif contenant de la colistine d’un prélèvement de gorge chez tout patient chez qui on suspecte une mélioïdose est un examen assez performant, non invasif et peu coûteux avec une spécificité de 100% et une sensibilité totale de 36% en moyenne (24 à 79%). Cet examen pourrait être alors effectué systématiquement devant toute suspicion de la maladie [105]. L’utilisation d’un système automatique d’hémocultures (comme le système BacTAlert®) permet de raccourcir le temps à moins de 48h dans plus de 90% des cas. La méthode standard des hémocultures met entre deux et six jours pour aboutir à un résultat tandis que le système automatique utilisé depuis 1994 dans le nord de la Thaïlande permet d’obtenir 62,5% de résultats positifs à 24 heures et 93,1% à 48 heures comme l’a démontré une étude effectuée à l’hôpital régional de Khonkaen [88]. Cette méthode d’automatisation des hémocultures permet d’adapter rapidement l’antibiothérapie surtout dans le cas des formes septicémiques où le pronostic vital est engagé dans les premières heures d’hospitalisation. De plus cette méthode de culture peut-être couplée à un test au latex d’agglutination utilisant un anticorps monoclonal spécifique d’une protéine de 30 kDA de B. pseudomallei [69]. Cela permet de réduire considérablement l’identification à moins de deux jours. Cet anticorps est très sensible et spécifique (100%) pour l’agglutination. Cette méthode simple et peu coûteuse pourrait être utilisée dans les régions endémiques mais aussi dans les laboratoires peu habitués à l’identification morphologique et biochimique du bacille. L’utilisation de la galerie API 20NE® (bioMérieux®) permet une identification facile de la bactérie. Il s’agit d’un système d’identification combinant 8 tests conventionnels et 12 tests d’assimilation. La galerie est incubée à 30 °C de 24 heures à 48 heures si nécessaire. Elle fournit alors un profil numérique à cinq chiffres, qui permet l’identification précise de la plupart des espèces de Pseudomonas (à l’exception de certaines comme P. alcaligenes, P. pseudoalcaligenes, P. monteilii) [50]. Il faut noter deux caractères positifs : gélatine et ADH, qui peuvent orienter à tort vers Pseudomonas du groupe fluorescens [104]. Il a été obtenu des profils types pour Burkholderia pseudomallei : 1156577, 1556577 et 1156576 [95]. Ce système a largement permis de simplifier l’identification de B. pseudomallei même s’il peut le sous-estimer. Il reste néanmoins coûteux pour les laboratoires des régions endémiques comparé au milieu de culture d’Ashdown, Des méthodes alternatives peuvent être utilisées pour confirmer l’identification du germe par identification moléculaire : Ces différentes techniques de la culture bactérienne permettent ainsi de diminuer de moitié le temps nécessaire à un diagnostic étiologique, mais compte-tenu du coût élevé de ces techniques, très peu d’hôpitaux des pays de la zone endémique peuvent les utiliser. 7.3. Diagnostic immunologique La mise au point d’un diagnostic sérologique a fait l’objet de nombreux travaux mais les différents tests ont des réactions croisées avec d’autres germes comme Burkholderia mallei et certaines entérobactéries. Les techniques immuno-enzymatiques pour détecter les anticorps de type IgM et IgG sont plus sensibles et spécifiques [66]. Un certain nombre de tests sérologiques ont été développés pour la détection spécifique d’anticorps contre B. pseudomallei. Il s’agit de techniques par agglutination, hémaglutination indirecte (IHA), fixation du complément, ELISA ou mise en évidence des IgM par immunofluorescence ou immuno-enzymologie et immunochromatographie. L’IHA est une des méthodes les plus utilisées avec une sensibilité et une spécificité variable suivant l’antigène. Une première étude, effectuée chez les soldats américains de retour de la guerre du Vietnam, retrouvait une sensibilité de 96% et une spécificité de 95% [3]. Cette méthode, utilisée en zone d’endémie a un seuil de positivité fixé à 1/40. L’interprétation reste délicate dans les zones d’endémie chez des patients asymptomatiques [78]. Un taux global unique supérieur à 1/640 ou sa multiplication par quatre à deux prélèvements successifs font fortement penser à une forme active de la maladie. L’agglutination au latex (anticorps monoclonal Bps-L1) est rapide et sensible à 100% [2]. Une sérologie négative ne permet pas d’exclure une mélioïdose-infection. Dans une série récente, un tiers des patients ayant une culture positive à B. pseudomallei présentait simultanément une sérologie négative [74]. Les test sérologiques peuvent essentiellement aider à éliminer une mélioïdose ou être une aide au diagnostic dans les régions à faible prévalence mais ils sont de peu d’utilité dans les régions endémiques ou la majorité de la population est séropositive [97]. Ils ne sont donc que peu utilisés en zone endémique et ne peuvent témoigner d’une infection récente que par la détection des anticorps IgM [78]. On peut également mettre en évidence la présence du germe dans des prélèvements divers tels que crachats, pus et urines grâce au test d’immunofluorescence. La détection d’antigène de B. pseudomallei dans les urines par une enzyme fluorescente est une technique de laboratoire rapide et efficace dans le diagnostic de mélioïdose aiguë avec sensibilité et spécificité respectivement de 81 et 96 % et plus particulièrement dans les septicémies et les infections de l’appareil urinaire [27]. Quelques cas de faux positifs sont rencontrés chez des patients présentant une infection urinaire à d’autres bacilles à Gram négatif [27] [78]. La technique immuno-enzymatique de type ELISA-sandwich permet la détection d’antigènes dans le pus, l’urine ou le liquide pleural avec une bonne sensibilité (75%) et une bonne spécificité (98%) [78]. Ces méthodes sérologiques ne sont pas disponibles en France. Toutes ces techniques demandent un matériel moderne et coûteux tel qu’un microscope à fluorescence. Et la plupart des laboratoires des régions endémiques ne peuvent s’en procurer. Elles restent donc peu utilisées dans la pratique courante. La culture bactériologique semble rester pour l’instant la méthode de choix pour sa fiabilité et sa simplicité. Son coût reste le moins onéreux comparé aux méthodes immunologiques mais avec pour inconvénient majeur le temps nécessaire pour un diagnostic et un traitement efficace rapidement mis en place [78]. 7.4. Imagerie 7.4.1. Radiographie thoracique L’aspect radiologique, que ce soit une forme pulmonaire ou non, est peu spécifique. Il s’agit d’infiltrats, parenchymateux, non systématisés donnant un aspect d’opacités alvéolaires, souvent bilatéraux avec une prédilection pour les lobes supérieurs. L’évolution se fait avec l’apparition d’excavations au sein des infiltrats avec la formation d’images cavitaires donnant l’aspect d’images de type tuberculeux [47] [66]. L’association d’un épanchement pleural est possible ainsi que des adénopathies pédiculaires, plus rares. Dans les formes septicémiques, les images peuvent évoquer une lymphangite carcinomateuse avec des opacités diffuses et des micronodules ou une miliaire tuberculeuse. On peut distinguer deux cas : Les formes subaiguës n’ont pas de lésions radiologiques spécifiques. Les différentes images radiologiques que l’on peut voir chez des patients atteints de mélioïdose aiguë sont résumées en annexe 9. Les formes chroniques sont caractérisées par des infiltrats associées à des cavités avec une évolution beaucoup plus lente. Les différentes lésions pulmonaires trouvées chez les malades atteints de mélioïdose subaiguë ou chronique sont décrites dans en annexe 10. On peut retrouver également des épanchements pleuraux, des empyèmes, des pneumothorax ou des pyopneumothorax [30]. 7.4.2. échographie L’échographie est un très bon outil pour dépister des abcès viscéraux et elle permet la détection de formes extra-pulmonaires. Elle permet aussi de suspecter fortement le diagnostic d’une mélioïdose chez un patient fébrile sans étiologie retrouvée, surtout en zone d’endémie, d’autant plus que le malade présente de multiples petits abcès viscéraux et plus particulièrement au niveau splénique et hépatique [100]. Dans le cadre d’une symptomatologie urinaire fébrile, l’échographie transrectale reste l’examen de première intention pour la détection d’abcès prostatiques. On pourra compléter le bilan si nécessaire par un scanner pelvien pour évaluer l’extension de la maladie [108]. L’échographie prostatique transrectale permet de détecter rapidement la présence d’abcès prostatiques. Ceux-ci peuvent être de différentes dimensions, se situer au niveau d’un lobe unique ou bien encore se présenter sous formes de multiples abcès sur l’ensemble de la glande. Cet examen est plus avantageux par sa simplicité. Il est aussi performant que la tomodensitométrie ou l’imagerie par résonance magnétique et il permet une ponction ou un drainage par voie transrectale [86]. 7.4.3. La TDM, l’IRM et la scintigraphie La tomodensitométrie est un examen de choix dans l’étape du diagnostic et pour apprécier l’extension de la maladie. Il permet sur le plan pulmonaire, à la différence de la radiographie standard, de voir la formation de multiples cavités pulmonaires, de déceler les lésions pleurales et les hydropneumothorax. Il permet ainsi un diagnostic différentiel de tuberculose pulmonaire. Sa meilleure précision et la mise en évidence de lésions extra-pulmonaires notamment au niveau hépatique, splénique, et rénale permettent une prise en charge plus globale de la maladie [77]. Elle permet en effet de visualiser les micro-abcès au niveau des organes abdominaux. Par contre cet examen ne semble pas plus performant pour les atteintes prostatiques que l’échographie par voie transrectale. Par ailleurs, la tomodensitométrie permet dans les formes neurologiques de faire un diagnostic précis des lésions et la possibilité d’une biopsie stéréotaxique ou d’un drainage neurochirurgical. L’imagerie par résonance magnétique est également très utile, avec une meilleure résolution [9]. Ces deux examens permettent également un bilan des lésions quand il y a suspicion d’une atteinte musculaire et squelettique, notamment dans les cas d’ostéomyélites et d’arthrites. La scintigraphie au Technetium 99m permet d’apprécier l’extension au niveau musculaire et squelettique, de découvrir une atteinte des tissus mous et des organes viscéraux et de cartographier la présence d’abcès qui pourront être éventuellement drainés [73]. 7.5. Diagnostic histologique L’examen histologique n’est d’aucune spécificité. On trouve des lésions granulomateuses aiguës ou chroniques qui ne sont pas spécifiques [102]. Des autopsies pratiquées chez cinq patients en Malaisie retrouvaient une inflammation focale ou diffuse avec lésions nécrosantes. On notait un nombre variable de polynucléaires neutrophiles, de macrophages, de lymphocytes et de cellules géantes qui sont probablement des macrophages phagocytant les leucocytes [102]. Ainsi on trouve deux types de lésions élémentaires : Ces types de lésions sont trouvés dans de nombreuses autres maladies dont essentiellement la tuberculose mais également la maladie des griffes du chat, la tularémie et la lymphogranulomatose vénérienne [65]. 7.6. Diagnostics différentiels Le diagnostic de mélioïdose est un diagnostic difficile, surtout en zone non endémique ou dans des zones endémiques avec peu de moyens médicaux. Dans les formes pulmonaires, les diagnostics à évoquer dans les formes aiguës et subaiguës sont les pneumopathies à germes pyogènes (Pseudomonas, Klebsiella), les pneumopathies à Staphylocoques ou à bacilles à Gram négatif. La tuberculose, la lymphangite carcinomateuse et les pneumopathies fongiques font partie aussi des diagnostics à suspecter [47]. La recherche du bacille dans les crachats ou les aspirations bronchiques est alors indispensable. Les formes systémiques peuvent évoquer une tuberculose disséminée, une infection fongique systémique ou des infections chroniques à pyogènes ainsi que toutes les infections sévères : paludisme, rickettsioses, typhoïde, peste... Durant l’épidémie de peste de 1994 en Inde, des cas de mélioïdose ont été rapportés, initialement diagnostiqués à tort comme des cas de peste [54]. Le diagnostic d’un abcès amibien peut-être évoqué devant un abcès du foie isolé surtout dans les régions ou ces infestations sont fréquentes comme en Inde ou alors un abcès à pyogènes [42]. Dans les formes chroniques pulmonaires, on retrouve le diagnostic de tuberculose à culture négative. Il faut également savoir éliminer une sarcoïdose car la mise en route d’une corticothérapie dans une mélioïdose avérée peut se révéler catastrophique [7]. Les formes neurologiques de la mélioïdose peuvent évoquer une méningite virale ou bactérienne, un syndrome de Guillain-Barré ou bien encore une encéphalite de la « Murrey Valley », arbovirose transmise par les moustiques en Australie [104]. Elles peuvent également mimer la poliomyélite ou le botulisme. Enfin dans les formes localisées avec abcès, on peut suspecter une tuberculose osseuse, une ostéomyélite chronique ou une infection mycosique comme la sporotrichose. Cette dernière est due à un champignon dimorphique, Sporotrichum schenckii, parasite des végétaux et des bois.
La mise en culture sur milieu sélectif gélosé de Ashdown (comportant glycérol, du cristal-violet, du rouge neutre et de la gentamicine) permet une identification présomptive du bacille et l’utilisation du milieu modifié avec la colistine permet une meilleure efficacité de son isolement (aspect de colonies opaques, rugueuses et pigmentées en pourpre foncé) et ce dans un délai de 48 heures avec une présomption à 24 heures [26] [98].
l’hybridation in situ au moyen de sondes fluorescentes spécifiques des ARN ribosomaux 16S est parfois employée on peut utiliser aussi l’amplification par PCR (techniques d’amplification génique par la réaction en chaîne des polymérases) du gène hrcR : positive, elle confirme l’identification du germe B. pseudomallei. Ces procédés sont utilisés dans quelques laboratoires de certaines régions ou pays de forte endémicité. dans les septicémies aiguës, les images radiologiques les plus fréquentes sont des lésions nodulaires disséminées dans les deux champs pulmonaires de 3 à 15 mm de diamètre (84% des patients) et, en second lieu, on retrouve des infiltrats alvéolaires le plus souvent situés dans les lobes supérieurs. Il n’y a pas de lésions cavitaires à ce stade aigu de la maladie mais celles-ci peuvent apparaître rapidement en l’absence de traitement [30] dans les formes pulmonaires aiguës, les lésions prédominantes sont des infiltrats alvéolaires et 35% des patients montrent des lésions cavitaires ; on retrouve de façon moins importante des lésions nodulaires. d’une part des micro-abcès constitués de bacilles en périphérie entourés de tissus nécrosés et au centre une zone de suppuration d’autre part des granulomes à couronne épithélioïde et giganto-cellulaire, cernés de fibrose à centre nécrotique, d’allure caséeuse [66].